Trong thời đại Viking người ta đã đào kênh Kanhave ngang qua đảo, dùng làm căn cứ hải quân bảo vệ thành phố Aarhus trên bán đảo Jutland. Trên bờ phía tây có 1 suối thiêng là suối Ilse Made.

Thời trung cổ Samsø có 3 lâu pháo đài: 1 ở Vesborg Fyr hiện giờ, 1 ở làng Tranebjerg hiện nay và 1 ở Hjortholm trên Vịnh hẹp Stavn. Hiện nay lâu pháo đài ở Hjortholm không còn vết tích. Lâu pháo đài ở Tranebjerg bị Marsk Stig phá hủy, còn tường ở lâu pháo đài Vesborg đã bị đổ xuống biển vào cuối thế kỷ 19.

Ngày 16.6.1676 vua Christian V đã tặng đảo Samsø cho tình nhân Sophie Amalie Moth và ngày 31.12.1677 nhà vua phong cho nàng chức nữ bá tước Samsø.

Trong cuộc hải chiến giữa Đan Mạch và Anh từ 1801 tới 1814, lối vào cảng Langøre ở Vịnh hẹp Stavn được tăng cường phòng thủ với các súng đại bác đặt ở Vỉa Besser, ở Kyholm và Lilleøre, không cho hải quân Anh lập căn cứ ở đây. Ngày nay vẫn còn các bờ lũy công sự bao bọc vị trí đặt đại bác hồi xưa. Từ 1830 tới 1857 có trạm ly cách dịch ở Kyholm để cách ly các người bệnh từ tàu đến.